Sokan azt gondolják, hogy a tisztítás és a fertőtlenítés ugyanazt jelenti, de valójában két különböző eljárásról van szó.
A tisztítás, a korábbi meghatározás szerint, egy felület szennyeződésektől vagy idegen anyagoktól való megszabadításának folyamata. Ilyen lehet például egy poros munkalap ronggyal történő áttörlése, egy padló felsöprése, vagy akár egy tányér elmosása is. Ezek a tisztítási folyamatok mind-mind csak felület szintjén történnek.
Eközben a fertőtlenítés a baktériumok, vírusok és más mikrobák inaktiválását vagy elpusztítását jelenti, hogy azok ne tudjanak fertőzni vagy szaporodni. A tisztítás is képes elpusztítani bizonyos baktériumfajtákat, azonban vannak olyan baktériumok is, amelyek a tisztítószereket alkotó elsődleges vegyületekkel szemben ellenállóbbak. Ezért van szükség ilyen esetekben fertőtlenítőszerek alkalmazására, mivel azok olyan hatóanyagokkal rendelkeznek, amelyek képesek megzavarni vagy károsítani a kórokozók sejtjeit. Az orvosi létesítmények takarításakor a tisztítás után mindig szükség van fertőtlenítésre is. E két folyamat elvégzése biztosítja, hogy ne maradjanak olyan baktériumok, amelyek betegségeket terjeszthetnek.